В правописі написано тільки оце:
"Давноминулий час дієслова складається з форм минулого часу цього дієслова та відповідних форм минулого часу допоміжного дієслова бути: ходив був, ходила була, ходили були."
В тому ж правописі бачимо таке:
"...він би це давно був зробив."
В літературній українській мові є і перший, і другий спосіб творення давноминулого часу. У вікіпедії наводять 5 прикладів використання з української художньої літератури, і серед них є і перший, і другий. Словопедія також наводить декілька прикладів, серед яких є обидва способаспособи.
В розмовній українській (як бачите і з коментарів) так само: залежить від звички конкретної людини і милозвучності в кожному конкретному випадку.