"Напис" є найбільш вживаним та природнішим.
Як слушно зауважив @Sasha, "Щодо «найбільш вживаним» можна підтвердити, наприклад, кількістю вжитків у гугл-книжках українською (430430 vs. 175175), або у частотному словнику художньої прози MOVA.info частотному словнику художньої прози MOVA.info (238 vs. 8), або лейпцизькому корпусі 2014 (18 87518 875 vs. 1 6701 670)."
Щодо ж природнішого, то відносна вживаність також є й непрямим свідоцтвом того, як слово сприймають більшість мовців. (@Sasha, дякую ще раз за це спостереження.)
Додам, що мені особисто (суб'єктивно, звісно) варіант "надпис" відчувається або як суржик (свідоме чи несвідоме уподібнення до російського "надпись"), або як архаїзм (у прикладах з класиків у словниках чи деінде можна зустріти, але то тексти сторічної чи більше давності).
