І се, безперечно, не було виїмкове явище: Руська Правда, як ми бачили, припускає, що можуть бути такі люди, що входять у грошеві операції з холопом, навіть і знаючи,що він холоп… (Михайло Грушевський, «Історія України-Руси. Том III», 1900).
Скінчивши цю операцію з ножицями, Старковський вживає останнього способу «благородних героїв» бити по серцях глядачів: божеволіє (Леонід Чулий, «Біографія», 1910).
Звичайно бувало, що ті ґудзики за кілька день знов десь пропадали й знов Вітрові доводилось вислухувати товариські картання й терпеливо переносити нові операції над своїм пальто (Сергій Єфремов, «Пам'яті Василя Доманицького», 1910).
Всі операції над собою він терпів стойко, ні разу не зрадивши свою славу «мовчунчика» (Володимир Винниченко, «Божки», 1914).
Дія/операція з чимось і дія/операція над чимось мають трішки різну семантику. Над чимось зазначає саме безпосередній об'єкт дії/операції, а з чимось — щось (когось), що бере участь у дії/операції, але необов'язково є прямим об'єктом. Тобто над чимось вужче за з чимось; у вищенаведених прикладах можна замінити над на з («операції зі своїм пальто[м]», «операції з собою»), але не навпаки («операції над холопом», «операцію над ножицями» — це вже змінить зміст фраз).
До чисел загалом підходять обидві семантики (числа умовно можна вважати і «скалпелем», і «пацієнтом»), тож я поки не бачу причин надавати перевагу якій одній із цих форм. Можливо, Vitalii у своїй відповіді має рацію, що форма з чимось з'явилася раніше й загалом притаманніша українській мові, та не мені про це судити.