Це залежить від того, хто пише — песиміст або оптиміст.
Приклад
Річки забруднюються через те, що в них викидають сміття (між рядків: безнадійне відношення, на це ніяк неможна вплинути. Так було, є і буде)
другий приклад:
Річки забрудюються тому що в них викидають сміття (між рядків: оптимістичне ставлення, з цим треба боротись і можна досягнути успіхів. Так було, є, але треба з цим щось робити)
З іншого погляду, може висловлювати тривалість ставлення при використанні «через те що», та завершеність дії при використанні «тому що».
Приклад
Це стається (або сталось) через те що ти ніколи мене не слухаєш. (безнадійне ставлення: песимістичне. Тривалість: воно завжди так буде).
Це сталось тому що ти мене не послухав (оптимістично: сподівання, що наступний раз послухає пораду. Засудження. Тривалість: це сталось в данному випадку, в інший раз буде інший випадок)
Висновок:
Це замінні сполуки, які використовує автор, щоб забарвити зміст певним відтінком та передати відношення до події, того, що сталось.