Є декілька кандидатів на роль відповідника to configure (щодо програми) різного ступеню пригожості:
(Так само, як і англійською можна висловитися декількома способами: configure, set up, tune up тощо.)
Може, я упереджений, але мені особисто налагоджувати не подобається. Спробую пояснити чому. Wiktionary наводить для configure таке тлумачення:
(transitive) To set up or arrange something in such a way that it is ready for operation for a particular purpose, or to someone's particular liking [виділення моє]
— тобто є два можливі випадки вживання: «коли щось зовсім не працює (зовсім не здатне виконувати певне призначення), зробити, щоб воно працювало» і «коли щось працює (виконує певне призначення), зробити так, щоб воно працювало (виконувало певне призначення) по-іншому, більш відповідно до чиїхось уподобань» (тобто конфігурувати можна і речі, що зовсім несконфігуровані, і речі, що загалом сконфігуровані, але ми хочемо переконфігурувати їх). Тому (якщо ми не знаємо, в якому саме контексті вжилося оригінальне configure) важливо, щоби в українського відповідника були ті сами два можливі значення. В українського налагодити, на мій погляд, перше значення («зробити, щоб працювало») надто домінує над другим («пристосовувати під себе, під якусь мету») — коли я чую «налагодити/полагодити щось», у мене асоціація «воно зламалося». Але більшість сучасного програмного забезпечення за умовчуванням має такі конфігурації, з якими воно просто працює (хай навіть і невідповідно до чиїхось потреб чи уподобань).
Я б особисто зупинився на більш-менш уживаному зараз налаштувати. Зокрема Microsoft у Microsoft Terminology Collection як відповідник до configure наводить налаштовувати (у програмному забезпеченні від Microsoft уживається: налаштування, налаштувати, настроїти, настройки, настроювання). Так само KDE використовує налаштувати (наприклад: «configure KImageMapEditor» → «налаштувати KImageMapEditor», «configure KHTML Browser Part» → «налаштувати компонент перегляду KHTML» тощо).