Ось як пояснює семантичну відмінність посібник Є. Чак "Чи правильно ми говоримо?" (1997):
Запитання — це словесне звернення, яке потребує відповіді або є риторичним:
«— Але перед цим дозвольте кілька запитань, — сказав один інспектор».
(О. Довженко.)
Слово питання здебільшого вживають, коли йдеться про якусь проблему, справу, що потребує розв'язання або вивчення:
«Довго билася наука над
питанням, як же зробити рослини міцнішими, щоб
не вимерзали, багатші на плоди стали, як схрестити їх?» (О. Довженко.)
У граматичній термінології вживають слово питання, а не запитання. Наприклад, питання, на які відповідають відмінки, члени речення. Так само знак питання (?), а не знак запитання, питальне речення, а не запитальне.
Отже, якщо йдеться про якусь проблему, що потребує розв'язання чи дослідження (а також у граматиці), вживають слово питання; коли мають на увазі звернення, що потребує відповіді або пояснень, краще надавати перевагу слову запитання.