1. -енко (Федоренко), -ко (Федірко), -ук/юк (Федорук), -чук (Федорчук)
Дублюю відповідь користувача Yellow Sky на ідентичне питання:
Українська мова: Енциклопедія на сторінці 533 пише, що суфікс -енко разом з кількома иншими (-юк, -чук, -як, -чак, -ик, -чик, -ко, -ка, -ок, -онок, -еня, -я, -ча, -чо, -ець, -цьо, -ина) початково був демінутивним, зменшувальним, отже колись слово коваленко означало «маленький коваль», потім «син коваля», «син Коваля», а потім перетворилося на родове ім’я, прізвище родини, яку започаткував коваль на прізвисько Коваль.
2. -ва (Федорова), -вна (Федорівна) і -ич (Федорович), -ів (Федорів)
Посилатимусь на книгу "Сучасні Українські Прізвища" Юліана Редько.
Сторінка 17:
Прізвища з суфіксами -ич, -анич, -евич, -ович. За походженням це дуже давні утворення, відомі, головним чином, у східних і південних слов'ян з найдавніших часів. Суфікси ці служили для утворення назви сина від імені батька чи матері.
Сторінка 19:
Прізвища на -ів, -ин, -ишин вказували на ім'я батька або матері. Первісно вони відмінювалися як присвійні прикметники, а в багатьох західних говірках досі
зберегли прикметникове відмінювання.
Тут невпевнений, чи можна цим пояснити -ова, але, здається, аналоґія хороша:
У непрямих відмінках звук і в суфіксі чергується з о: Адамова, Гаврилова.
Про -вна, нажаль, нічого не знаходжу.